دانشگاه صنعتی شریف
نقشه سایتتماس با دانشگاهEnglish
۱۳۹۰/۰۲/۰۳  ۱۵:۱۰

توسعه نرم‌افزار EMD برای شبیه‌سازی رفتار نانومکانیکی مولکول DNA

به گزارش روابط عمومی دانشگاه صنعتی شریف، دکتر محمدرضا اجتهادی از دانشکده فیزیک موفق به توسعه نرم‌افزار EMD برای شبیه‌سازی رفتار نانو مکانیکی مولکول DNA شده است.
بنا بر این گزارش، نرم‌افزار EMD که در گروه ماده چگال نرم دانشکده فیزیک دانشگاه صنعتی شریف تدوین شده برای شبیه‌سازی مولکول‌های بیضوی شکل مانند سیستم‌هایی شامل ذرات کریستال مایع با شکل‌های غیرکروی آماده شده است. این نرم‌افزار در سایت این گروه به آدرس http://softmatter.cscm.ir قابل دسترس است.
اخیراً آرمان فتحی زاده موفق شده‌ است که دامنه کاربرد این نرم‌افزار را برای استفاده در شبیه‌سازی درشت دانه مولکول‌های DNA گسترش دهد. در عمل این نرم‌افزار با تغییرات انجام شده به یک نرم‌افزار شبیه‌سازی دینامیک جسم صلب برای سیستم‌های درشت دانه تبدیل شده است. همچنین گسترش فوق امکان استفاده از نرم‌افزار برای سیستم‌های پلیمری را که تا قبل از این در EMD وجود نداشت را ایجاد کرده است. قسمتی از امکانات افزوده شده به نرم‌افزار عبارتند از:
۱- امکان در نظر گرفتن پیوندهای شیمیایی میان نقاط مختلف ذرات مدل
۲- افزودن میدان‌های نیروی مؤثر و هارمونیک بین دو جفت باز مجاور برای شبیه‌سازی خواص مکانیکی DNA
۳- امکان در نظر گرفتن اندرکنش الکتروستاتیک در محیط‌های محلول با غلظت‌های یونی متفاوت
۴- ایجاد یک محیط گرافیکی برای ساختن ساده‌تر فایل‌های ورودی نرم‌افزار برای شبیه‌سازی DNA
در حال حاضر نرم افزار EMD به کمک امکانات افزوده شده جزو معدود نرم‌افزارهای موجود برای شبیه‌سازی درشت دانه دینامیک مولکولی DNA با در نظر گرفتن دینامیک جسم صلب است.

لطفا نظرات و پیشنهادات خود را به آدرس web [at] sharif.ir ارسال فرمایید
۱۳۹۰، دانشگاه صنعتی شریف، تهران، ایران
طراحی و اجرا در آزمایشگاه وب Powered by Cybiran